schrodinger官方版v2021.2

schrodinger官方版是一款简易实用，功能全面的研究医学结构的辅助软件。schrodinger最新版支持用于协作药物设计的下一代平台允许医学化学家、生物学家、建模师、IT 专业人员和其他人员的跨学科团队实时共享、查看和管理数据。schrodinger官方可以对水位的材料和模型结构进行各种化学计算，数据显示在各种表格和图形中，有喜欢的小伙伴快来下载吧！

基本简介

schrodinger软件是一个用于研究医学结构的辅助工具，用户可以通过多种技术来快速制图模型，并且提供不同的模拟环境，便于用户来观察研究。

软件特色

schrodinger2官方版是专业的药物研究设备软件。软件的目的是为用户提供强大的功能和最先进的技术，他们设计和开发药物所需的一切，以及分子建模、药物设计和制造方面的研究人员。是能够快速执行.它是为用户提供和提供舒适的服务。环境相关材料化学结构的快速构建提供了简洁友好的环境，并支持各种相关的计算操作。一般来说，分子和化学结构建模，生物和生物结构建模，图形渲染和数值变化建模，图形和简单的应用环境，不同材料在不同环境条件下的行为。包括评估和分析，原子研究。对水位的材料和模型结构进行各种化学计算，数据显示在各种表格和图形中。

软件优势 

1、生物制剂试剂盒

从头开始设计，这个易于使用的新套件是第一个完整的所有工具集合，这些工具对于建模生物制剂、抗体和蛋白质很重要。

2、材料科学套件

这个创新的新套件为基于量子力学的化学系统模拟提供了强大的多功能工具。它可以应用于特殊的化学和材料科学系统。

3、发现信息学套件

用于协作药物设计的下一代平台允许医学化学家、生物学家、建模师、IT 专业人员和其他人员的跨学科团队实时共享、查看和管理数据。

4、PyMOL

PyMOL 是一个基于开源的用户赞助的分子可视化系统。通过购买维护和支持订阅来支持此类开放、有效且价格合理的软件的开发。

功能介绍

1、快速轻松地执行手动或引导线优化

通过自动预测蛋白质配体复杂形状的“设计方法”

使用自定义 R 组库和属性过滤器来调整项目的化学性质

使用基于属性的雷达图(MW、logP、HBA、HBD、PSA)快速评估分子适用性。从 PT 添加用户属性。

提交您最喜欢的设计并按与 FEP+ 的相似度对其进行排名，对其进行后期处理并在 Live Design 中发布，或将其提交至 excel

2、多序列查看器

支持序列比对和比对、比对方法设置和参数调整选项

生成成对比较矩阵。根据相似性、同一性或保留比较整个序列或选定的列。

来自不同来源的信息的分层显示，以增强对序列之间差异或相似性的解释

您可以计算丰富的内置序列描述符，并在序列旁边的指标列中显示值。

这些属性使您可以灵活地上传用户生成的描述符和颜色序列。

同源建模：引导式分步结构预测工作流程，带有复选标记以指示已完成的步骤

轻松地将序列链接和取消链接到结构

基于全序列比对或结合位点比对的比对结构

一键切换拆分链表示和连接链表示

将序列颜色应用于您的工作区结构，反之亦然。

3、OPLS3e力场

默认使用的 Schrodinger-ANI 选项可以加快可通过 FFBGUI 获得的拟合速度。

4、FEP+

集成力场生成器 + FEP 工作流程

使用 QuickView 循环边缘纹理/热区数据

能够清除所有/选定的实验数据

用于显示 Core SMARTS 的 UX 改进

消除冗余的 SMARTS 模式

突出显示与核心SMARTS匹配的节点

5、分子动力学

卸下 Desmond CPU

6、混合溶剂MD(MxMD)

包含匹配每个热点的探针结构

7、共价配体对接

在优化步骤中应用用户定义的约束

支持包含在原子名称中的结合原子(核酸)

8、配体对接

结合机器学习和 glide 对接测试版本，将主动学习 glide 应用于对接数十亿化合物的庞大库

9、宏观周期

(可选)通过输入文件为宏循环脚本提供输入

生成可以连接和切割分子的融合蛋白肽接头设计、ADC 接头和融合二聚体配体(仅限命令行)

10、引导对接

在不影响精度的情况下，IFD-MD 的速度提高了约 5 倍。

11、药理模型

简化 create_hypoConsensus 脚本的应用，允许脚本读取 *.phypo 格式。

12、配体对齐

通过允许搜索参考配体来改进参考配体规格

修复了几个错误(例如回溯，作业启动失败)

减少了基于 flex_align 的作业生成的默认关注者的默认数量以加快计算速度。

添加工具提示

13、枚举

通过包含描述和名称来改进名称响应搜索

14、化学信息学

使用 Canvas 指纹或属性创建和应用 Kohonen 自组织地图-Beta

创建和应用单独的分类和连续 QSAR 模型，完全控制应用的功能和机器学习测试版

使用 kPLS、MLR、PCR、贝叶斯或递归分区机器学习技术创建和创建预测

使用各种 Canvas 指纹、原子和分子描述符或用户提供的描述符创建机器学习模型

可视化 kPLS 模型预测的原子贡献

自动或手动创建测试/训练集拆分

15、基于经验和质量控制的PKa预测

允许 Jaguar pKa 常规和自定义 OPLS3e 力场进行构象搜索

16、QM / MM (QSite)

Q Site 现在支持 OPLS3e 力场

17、量子力学

如果您想将 VCD 光谱与 Spectrum_align.py 对齐，您可以选择使用可靠的峰。

计算特定压力范围内的热化学性质

链互变异构体现在它可以在 AutoConf.py 工作流程中生成和评分。

用于 COSMO-RS 计算的 .Cosmo 文件

从命令行开始的批量计算现在可以选择输出和分组失败的子作业，以进一步简化过程。

18、结合位点的特征

使用新的kinase_conservation_analysis.py 脚本对激酶结合位点残基进行保守分析

返回一个独特的残基对以优化小分子选择性

原子级函数注释整个基因家族中最独特的残基对

19、蛋白质同源建模

命令行支持更好地控制所有 Prime 优化作业的最小化参数(循环预测、侧链预测、结合位点优化等)

20、低温电磁

使用PHENIX/OPLS3e自动扫描约束权重确定理想权重

PHENIX/OPLS3e-提高稳定性，支持多种coformer，支持写PDB文件